Sesuai dengan SK Kepala Dinas Kesehatan DI. Yogyakarta nomor 441/05664/III.2 tentang rujukan berjenjang maka system rujukan berlaku mulai 01 April 2016 untuk Kota Yogya.
Rujukan berjenjang merupakan system rujujan untuk pasien yang tidak dalam keadaan darurat, bencana dan kekhususan. Rujukan dari fasilitas pelayanan kesehatan primer ke fasilitas kesehatan sekunder dan dari fasilitas